neuroimagen:pib_troubles
Problemas de Corregistro
El corregistro de los PIB tiene algunos problemas que pueden solucionarse haciendolo de varios métodos distintos y comprobando visualmente el resultado.
- Corregistro sin extracción de cerebro
- Corregistro con extracción de cerebro
- Corregistro con threshold
Corregistro sin extracción de cerebro
Este es el más simple y sólo se necesita que exista la MRI del sujeto.
$order ="get_subj_pib.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse;
- get_subj_pib.sh
#Now get the corrected PETs and register to MRI ${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet ${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_pet -omat ${dir}/${id}_tmp_pet2struc.mat -out ${dir}/${id}_pet_in_struc
Corregistro con extracción de cerebro
Aquí se necesita además que el cerebro se haya extraído correctamente.
$order ="get_subj_std.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse;
- get_subj_pib.sh
#Now get the corrected PETs and register to MRI ${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet ${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_brain -in ${dir}/${id}_pet -omat ${dir}/${id}_tmp_pet2struc.mat -out ${dir}/${id}_pet_in_struc
Corregistro con threshold
En caso de fallar los anteriores se recorta el PIB por debajo de un % de intensidad. Normalmente con un 10% la cosa funciona.
$order ="get_subj_mask.sh ".$study." ".$pets{$subject}.$subject." ".$w_dir." ".$reuse." ".$cuts{$subject};
- get_subj_mask.sh
${FSLDIR}/bin/fslreorient2std ${dir}/${id}_norm ${dir}/${id}_pet if [ $treshold = 0 ] ; then ${FSLDIR}/bin/fslmaths ${dir}/${id}_pet -thr ${treshold} -bin ${dir}/${id}_tmp_pet_mask else ${FSLDIR}/bin/fslmaths ${dir}/${id}_pet -thrP ${treshold} -bin ${dir}/${id}_tmp_pet_mask fi ${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_tmp_pet_mask -omat ${dir}/${id}_tmp_pet -dof 9 ${FSLDIR}/bin/flirt -ref ${dir}/${id}_struc -in ${dir}/${id}_pet -applyxfm -init ${dir}/${id}_tmp_pet -out ${dir}/${id}_pet_in_struc
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